学部
教育学部
经济学部
医学部
齿学部
药学部
工学部
环境科学部
水产学部
医疗技术短期大学部(因为改组为四年制医学部保健学科，2002年度以后停止招生）
研究生院
教育学研究科
教职实践专业（专业学位课程，教职大学院）
教科实践专业（修士课程）
经济学研究科（博士前期课程·博士后期课程）
工学研究科（2011年（平成23年）度比生产科学研究科从改组）
综合工学专业（博士前期课程）
生产系统工程专业（博士后期课程）
绿色系统创建科学专业（5年一贯博士课程）
水产环境科学综合研究科（2011年（平成23年）度比生产科学研究科从改组）
水产学专业（博士前期课程）
环境保全设计专业（博士前期课程）
环境共生政策学专攻（博士前期课程）
海洋环境资源学专攻（博士后期课程）
海洋场生命科学专业（5年一贯博士课程）
医齿药学综合研究科
本科录取条件
要求申请者的高中平均成绩达到70分以上，托福需要达到80分，雅思成绩需要达到6分。
硕士录取条件
正规大学本科毕业，拥有相关专业学士学位，托福成绩最好80分以上，文科的成绩达到留考总分600分，日语300以上，理科达到总分560分以上，医学部的要求就更高了，日语最好达到一级。
（一）长崎大学本科生学费
1.检定料17，000日元；
2.入学金282，000日元；
3.学费每年535，800日元。
（二）长崎大学大学院生学费
1.检定料30，000日元；
2.入学金282，000日元；
3.学费每年535，800日元。
（三）长崎大学研究生学费
1.检定料9，800日元；
2.入学金84，600日元；
3.学费每月29，700日元。
长崎大学生活费方面大概100000日元/月，折合人民币约6300元。
交通费：
地铁成人单程票价种类有：160日元（起步价1-6公里内）、190日元、230日元、270日元和300日元。
巴士：200日元；
的士：起步价（2公里内）650日元。
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