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电算化会计信息处理的特点，决定了它与手工会计必然存在明显的区别。其区别除体现在上述各项特点外，还表现在以下几方面。
1．系统的设计方法不同。手工会计系统一般由会计师根据会计法规、会计准则、会计制度和行业特点，针对本企业工作的需要来设计。电算化会计因数据处理实现自动化，其系统设计除要遵循手工情况下的会计准则和会计制度外，还必须遵循特定的电算化制度，如帐册、报表设计等要符合输出、打印要求等。电算化会计系统一般由高级会计师、系统分析师和程序员在原手工系统基础上进行电算化系统分析和设计，编制程序并调试等一系列计算机处理过程进行开发。
2．帐户设置和帐簿登记方法不同。电算化会计信息处理的代码化和自动化，改变了手工会计下按会计要素类别设置帐户，并据以设置和登记总分类帐和明细分类帐的做法。电算化会计把帐户设置定义为：为了将来取得某种信息，预先设置好塑造该种信息的模型（房间），通过规定不同的科目代码（房问号）来对帐户进行分类，并据以对总帐、明细帐（日记帐）进行区分，按不同代码自动进行登记。
3．帐簿记录错误更正方法不同。电算化会计系统内存在逻辑性校验程序，只要原始数据输入正确，不会发生记帐凭证和帐簿记录差错，因而也不存在手工会计下的划线更正法来更正差错。对于帐簿记录因合法性而出现的错误，也只是采用类似于红字冲正法以输入“更正凭证”予以纠正。
4．对帐、结帐及期末帐项调整的方式、方法不同。在手工会计下，为了保证帐证、帐帐、帐实相符，在结帐前往往需进行一系列对帐工作。电算化会计信息处理则因存在逻辑性校验程序，不会出现帐证、帐帐不符情况。如果出现帐实不符，主要在于原始数据的审核及相关的内部控制制度是否完善的问题上。
应计制要求在会计期末结帐时进行一系列的帐项调整，以便正确确定当期损益。手工会计的结帐和帐项调整是由人工通过编制各种转帐凭证来进行的；在结帐时还要结出各帐户的本期发生额和期末余额，并将期末余额转抄为下期期初余额；出现结（调）帐差错可以在发现时随时更改。电算化会计的帐项调整和结帐是由计算机根据结帐指令自动进行的，并在相应工作完成后生成各种有规律的机制转帐凭证打印输出；其结帐后余额转入余额库，供下期调用。
